故事发生在距今并不遥远的二十一世纪中期,主角林肯6-E( 伊万·迈克格雷格 饰)和几百个伙伴生活在一个类似于乌托邦的地下社会中,在他们周围是先进的精密仪器,有条不紊的生活节奏和高效智能的防御系统,虽然终日不见天日,但根据基地科学家的描述,在他们的头上,整个星球已经被核战彻底地污染,已经没有任何生物能够在那里生存。乌托邦的生活虽然一切井井有条,但自然和自由更令人向往,所有基地的居民都盼望著一个抽签的机会,幸运者将会被送到最后一个未被污染的地方,一个叫‘The Island’的世外桃源,而这一次获得这项荣誉的是林肯6-E的女朋友,美丽的乔丹2-D( 斯嘉丽·约翰逊 饰)。由于基地管理者的疏忽,一只外面世界的飞蛾飞进了这座封闭已久的地下城市,它的出现令林肯6-E疑窦顿生,因为按照基地管理者的说法,所有的生物都在核战中灭绝了。在飞蛾的带领下,林肯6-E来到了基地的中心,在那里他看到自己从前被选中前往的朋友斯塔克威泽,但展现在面前的并非描述中的美丽,基地的科学家正为他施行手术,他的器官被取出送出基地,至此林肯6-E终于明白:自己的生活其实一个巨大的谎言,他们都是被克隆组织控制的克隆人,他们存在的意义只是为本体提供新鲜健康的器官。得以真相的林肯6-E带著乔丹2-D逃离基地,进入他们从未涉足的现实生活之中,他要前往洛杉基找到自己的本体,解开关于自己身世的最后的秘密,但此时国家特工和基地组织的杀手已经将他们锁定为最危险的目标,一场猎杀和抗争,追逐与逃脱的斗争已经拉开了序幕 。